考虑到交通条件，从上海到这些城市最理想的出行方式是先苏州，再杭州，最后南京。
不知道楼主还能玩几天。如果只有一周时间，建议游览这些城市的几大景点：
苏州：苏州博物馆(精髓在于建筑风格，是建筑师贝聿铭的闭山之作)、虎丘(园林、丘陵、寺庙的融合)、拙政园、留园(苏州占据中国四大园林之二)、平江路(苏州老街)、金鸡湖(见秋库楼东方门)。
杭州：西湖(西湖美景三月有余，一年四季风景好)、灵隐寺、飞来峰(江南精华石窟)、钱塘江(即使没有大潮，沿河行走也不错)、六和塔(水浒中鲁大师去世的地方、出家的地方)、清河广场(杭州老街)。
南京：明孝陵(明代吴大帝朱元璋、孙权墓，十一月银杏枫叶超美)、中山陵(小学语文课本中提到的地方，我没去过，听过很多次)、南京博物馆(中国三大博物馆之一)、南京长江大桥(中国人自己建的第一座桥，去徒步一次)。